Program akademik di Politeknik Kelautan dan Perikanan Jembrana sudah tersistem dengan baik. Taruna yang baru masuk sudah diberi penjelasan dan orientasi tentang kehidupan akademik di Politeknik Kelautan dan Perikanan Jembrana. Selama proses studi, taruna akan diberi bimbingan secara intensif baik di dalam kelas maupun di luar kelas untuk membantu kelancaran studi Taruna. Proses studi diawali dengan pendaftaran Calon Taruna Baru, Registrasi, Kegiatan Kuliah dan Praktikum, Kuliah Umum, Sertifikasi, Praktek Kerja Lapang, Penelitian, penyusunan tugas akhir, ujian komprehensif, yudisium, dan diakhiri dengan wisuda. Untuk mendukung layanan administrasi akademik, Politeknik KP Jembrana telah menerapkan sistem administrasi berbasis IT dan dilengkapi CCTV. Hal ini untuk meningkatkan kualitas pembelajaran baik dari sisi materi maupun intensitas kehadiran Dosen dan Taruna di kelas.